Struktur Organisasi

Bentuk Organisasi Gereja Injili Di Indonesia ialah Presbyterian-Congregational.

Kekuasaan tertinggi Penyelengagraan Organisasi GIDI ada di Tangan Badan Pengurus Pusat (BPP) akan tetapi masing-masing jemeat setempat )local church) bersifat otonom, yang artinya keputusan BPP Sinode GIDI wajib ditaati oleh setiap jemaat setempat dan anggota jemaat, akan tetapi setiap jemaat setempat memiliki hak penuh untuk menolak bilamana diserta alasan-alasan Alkitabiah yang dapat dipertanggung-jawabkan.